Sinds de opening van het Prinses Beatrixpark in 1959 maakt de heemtuin een geliefd onderdeel van dit park uit. De eerste heemtuin lag in het zuidelijkste gedeelte van het park. Door inklinking van de grond en de aanleg van de rijksweg werd het op deze plaats steeds natter, en daardoor minder geschikt als heemtuin. In 1982 is de nieuwe heemtuin aangelegd op het reeds aanwezige eiland aan de noordkant van het park. In de periode 1982-1988 was de tuin slechts beperkt toegankelijk, om zo de vegetatie een kans te geven om te groeien.